1、申请人向所在省绿色食品委托管理机构提交正式的书面申请，并填写《绿色食品标志使用申请书》（一式两份）、《企业生产情况调查表》。
2、各省绿色食品委托管理机构将依据企业的申请，委派至少两名绿色食品标志专职管理人员赴申请企业进行实地考察。如考察合格，省绿色食品委托管理机构将委托定点的环境监测机构对申报产品或产品原料产地的大气、土壤和水进行环境监测和评价。
3、省绿色食品委托管理机构的标志专职管理人员将结合考察情况及环境监测和评价的结果对申请材料进行初审，并将初审合格的材料上报中国绿色食品发展中心。
4、中国绿色食品发展中心对上述申报材料进行审核，并将审核结果通知申报企业和省绿色食品委托管理机构。合格者，由省绿色食品委托管理机构对申报产品进行抽样，并由定点的食品监测机构依据绿色食品标准进行检测。不合格者，当年不再受理其申请。
5、中国绿色食品发展中心对检测合格的产品进行终审。
6、终审合格的申请企业与绿色食品发展中心签定绿色食品标志使用合同。不合格者，当年不再受理其申请。
7、中国绿色食品发展中心对上述合格的产品进行编号，并颁发绿色食品标志使用证书。